L'Arxiu Municipal de Santanyí (AMS) es troba organitzat des de l'any 1989 en el marc d'un conveni entre el Consell Insular de Mallorca (CIM) i l'Ajuntament de Santanyí per a la recuperació del patrimoni documental del municipi.
L'organització del fons documental de l'AMS va ser realitzada per Beatriu Zamorano Galmés i Antoni Ballester Miró, els quals formaven part dels equips tècnics del CIM que sota la direcció de Francesc Riera Vayreda, cap de les biblioteques i l'arxiu del Consell i coordinats per Isabel Garau, responsable de l'arxiu del CIM, centraren els seus esforços i el seu temps a l'organització de diferents arxius municipals.
Beatriu Zamorano es convertí en l'arxivera municipal entre 1992 i el 2001, dedicant-se també a l'Arxiu de Campos durant quatre anys, d'on actualment és l'arxivera. Des de l'any 2002 l'AMS es troba gestionat per Cristian Fuster McAlpine.
Localitzat en els seus inicis a la torre del rellotge que hi ha a l'Ajuntament, a l'any 1996 el servei de l'arxiu municipal passà a unes noves dependències que milloraren la seva situació. S'organitzà en una oficina i tres dipòsits documentals principals. El primer d'ells, situat en un edifici annex a l'Ajuntament, ocupant les antigues dependències de la Biblioteca Municipal; el segon es localitzava al propi Ajuntament; i el tercer dels dipòsits, situat també a l'Ajuntament, destinat al dipòsit de la biblioteca auxiliar de l'Arxiu.
En els darrers anys han anat sorgint nous problemes que han afectat directament o indirectament a les infraestructures de l'arxiu i que es mostren com a habituals en la majoria dels arxius municipals.
Actualment l’AMS disposa de dos grans diposits documentals en edificis municipals adaptats per a aquestes funcions, dotats de les infraestructures necessàries per al correcte funcionament d’aquest servei.